Національний музей-садиба Миколи Пирогова розташований в південно-західній частині міста Вінниці, у живописній садибі Вишня, де впродовж останніх двадцяти років (1861-1881) жив і працював видатний вчений, геніальний хірург, анатом, творець воєнно-польової хірургії, засновник Товариства Червоного Хреста, прекрасний педагог і громадський діяч Микола Іванович Пирогов.
Музей відноситься до найважливіших об’єктів культурної спадщини України і займає особливе місце у внутрішньому і міжнародному туризмі.
Музей був відкритий 9 вересня 1947 року у колишній садибі Пирогова Вишня, яку він придбав у спадкоємців доктора медицини А.Гриколевського на торгах у Києві 1859 року, працюючи на посаді попечителя Київського навчального округу.
Об’єктами музейного комплексу є півтораповерховий будинок і аптека, які споруджені Пироговим у 1866 році, та церква-некрополь, будівництво якої завершено у 1885 році. З 1882 року тут спочиває набальзамоване тіло Пирогова.
Пирогов за порівняно короткий час упорядкував занедбане господарство. Однак його основним заняттям була лікарська справа. У садибі Вишня Пирогов відкрив лікарню, де робив складні на той час хірургічні операції, які мали гарні результати.
Звідси Пирогов тричі виїздив. В 1862-1866 рр. він керував підготовкою молодих вчених у професорському інституті в Німеччині. 1870 року Пирогов як представник Товариства Червоного Хреста виїздив на франко-прусську війну, а 1877 року – на російсько-турецьку.
Помер М.І. Пирогов 23 листопада (5 грудня н.с.) 1881 року. Набальзамоване петербурзьким лікарем Виводцевим тіло Пирогова 24 січня 1882 року перенесли до родинної усипальниці, над якою у 1885 році за проєктом академіка Сичугова побудували церкву якуі освятили на честь св. Миколи Чудотворця.
Практично цим було покладено початок Пироговському музею у Вишні.